A pesar de que las aplicaciones GeneXus -Servlets, JDBC, y demás-  ya cumplen con muchas especificaciones de J2EE, las nuevas funcionalidades incluidas en la última versión de GeneXus llevan la compatibilidad con J2EE a un nuevo nivel.  

GeneXus Yi, incluye importantes nuevas funcionalidades respecto al soporte para la plataforma J2EE:

1. EJB (Enterprise Java Beans)
2. EAR Deployment Wizard
3. JTA (Java Transaction API)

1. EJB (Enterprise Java Beans)
La tecnología EJB permite un desarrollo rápido y simplificado de aplicaciones distribuidas, transaccionales, seguras y portátiles basadas en tecnología JAVA.  

GeneXus Yi permite a los usuarios GeneXus generar procedimientos como  Session Beans o Message Driven Beans para ser usados por terceros o por la propia aplicación GeneXus. GeneXus no genera Entity Beans, porque los mismos no aportan valor agregado a sus usuarios ya que éstos no codifican el acceso datos manualmente.  El resto de los accesos a la base de datos, tales como la carga de un web panel, se realizan usando JDBC directamente desde los servlets JAVA. 

La versión Yi también genera transacciones GeneXus que pueden ser usadas en modalidad batch desde procedimientos (Business Components). Estos componentes pueden ser expuestos como  Session Beans o Web Services.

2. EAR Deployment Wizard
EAR Deployment Wizard es una herramienta que permite la construcción de un EAR (Enterprise Archive Resource) de su aplicación GeneXus EJB, para cualquiera de los siguientes servidores J2EE:

3. JTA (Java Transaction API)
JTA especifica interfaces Java estándar entre un administrador de transacción y las partes involucradas en un sistema de transacción distribuida: el administrador de recursos, el servidor de la aplicación y las aplicaciones transaccionales.